۱- کاربری آسان: از لحاظ کاربری این دو سیستم تفاوت چندانی با یکدیگر ندارند و راحتی آن بستگی به تجربه شما از استفاده از این هاست ها دارد. اما هاست های لینوکس دارای کاربری راه دور ساده تر و ایمن تری نسبت به هاست های ویندوز هستند.

۲-میزان اطمینان و امنیت: بدون شک سرور های لینوکس قابلیت اطمینان بیشتری نسبت به سرور های ویندوز دارند.به طوری که تمامی پروژه های بر پایه شبکه که امنیت بالایی را می طلبند از سرور های لینوکس بهره می گیرند و خلاف تصور خیلی ها مشکلات امنیتی سرور های ویندور در نسخه های جدید نیز برطرف نشده است.

۳- عملکرد و امکانات: تغریبا امکانات و عملکردی را در هیچ یک از این دو نمی توان نام برد که در دیگری وجود نداشته باشد. اما نکته جالب اینجاست که اکثر ابزار های لینوکس به ویندوز منتقل شده اند ولی ابزار های لینوکس به ویندوز منتقل نشده اند و این نشان دهنده قدرت سرور های لینوکسی و ضعف سرور های ویندوزی است.

۴- میزان استفاده از منابع سخت افزاری سرور: در این زمینه می توان گفت سرور های لینوکسی بسیار صرفه جویانه تر از سرور های ویندوزی از منابع سخت افزاری مانند رم و سی پی یو  استفاده می کنند و این باعث می شود وقتی این دو سیستم بر روی دو سرور با مشخصات سخت افزاری یکسان نصب شوند، سیستم لینوکس منابع سخت افزاری آزادتری در اختیار داشته باشد.